Χρησιμοποιείται γενικά σε διάφορα μικροσκόπια, επιτρέποντας στους ανθρώπους να παρατηρούν πιο εύκολα διάφορα φθοροσκοπικά φαινόμενα. Τα μικροσκόπια που χρησιμοποιούνται συνήθως από τα φίλτρα είναι το φθοροσκόπιο, το λέιζερ, το συγεστιακό φθοροσκόπιο σάρωσης (LSCM), το συγεστιακό μικροσκόπιο και το πλήρες εσωτερικό αντανακλαστικό φθοροσκόπιο (TIRFM). Χρησιμοποιείται κυρίως στον τομέα των επιστημών της ζωής και της βιοϊατρικής, με κύριο ρόλο τον διαχωρισμό και την επιλογή των ουσιών στο βιοϊατρικό σύστημα ανάλυσης ελέγχου φθοροσύνης στο φάσμα των χαρακτηριστικών ζώνων διεγείρησης φωτός και εκπομπής φθοροσύνης.